То, когда сын степи был отстранен от Народного комиссариата земли Казахстана, остается такой же загадкой, как и то, когда и как он вернулся в Москву. Однако, хотя он и не требовал освобождения своей однокомнатной коммунальной квартиры в Москве (может, и этому был рад, кто знает), И. Сталин не предложил ему никакой другой должности или работы. Вскоре над его бывшими соратниками по автономии Алаш-Орда, начиная с А. Байтурсынулы, начали собираться черные тучи. В 1929 году большинство членов Алаш-Орды были арестованы, приговорены к различным длительным срокам и отправлены в лагеря смерти по всей глубинке Советского Союза. В мае того же года Ә. Бокейхан был вызван в Алматы на допрос. В ходе единственного допроса, состоявшегося 27 мая, в протокол была внесена лишь одна его фраза: «Я рассказал товарищу Каширину о деятельности Алаш-Орды с момента ее создания до роспуска». В тот год, похоже, И. Сталину не хватило решимости расстрелять лидера Алаша, поскольку еще не пришло «благоприятное» время для его ареста и отправки в лагерь, а также для реализации плана 1922 года «ликвидировать часть руководителей Алаш-Орды, настроенных враждебно к советской власти и воевавших против нее». Были еще полные основания опасаться, что арест Ә. Бокейхана, чья безупречная репутация и влияние перед родной землей и всем казахским народом были еще велики, хотя и далеки, может вызвать восстание в стране. Похоже, И. Сталин, не сумев справиться с казахским лидером, отомстил его родственникам и соратникам. По словам его родного брата Смахана-торе, младший брат Базылхан был сослан в Новокузнецк по обвинению в «бай-кулачестве» и умер в 1932 году в возрасте 48 лет; брат Касымхан Абдиханулы избежал смертного приговора в 1928 году и умер в Алматы в 1936 году; близкий родственник Манерхан Шолакулы был сослан в 1933 году и пропал без вести; еще один родственник Кожайхан Матханулы был призван в армию из ссылки и пропал без вести… Известно ли ему было о таких горестях его родных или нет – неизвестно. Тем не менее, не впадая в уныние, после допроса в Алматы, вернувшись в Москву, он занялся тем, что встречал на железнодорожной станции своих соратников, отправленных через Москву в лагеря, и старался снабдить их продуктами, теплой одеждой, письменными принадлежностями
